巧克力囊肿属于子宫内膜异位症引起的，属于良性病变，生长缓慢，有可能导致月经量多或是痛经的可能。如果囊肿不大可以先观察，巧克力囊肿手术后复发几率比较高，如果囊肿较大，需要去医院手术治疗，手术切除时需要小心的把囊肿取出，避免导致破裂，引起腹膜炎症，或者在其他部位继续生长。术后可以预防性的使用亮丙瑞林治疗，可以有效预防巧克力囊肿的复发。

卵巢出现巧克力囊肿临床上并不属于严重的疾病，卵巢的巧克力囊肿是属于子宫内膜异位的一种表现形式，发生的原因是由于子宫内膜种植到卵巢部位，月经来临时卵巢部位的陈旧性血液包裹形成囊肿的表现的患者最主要的症状是痛经的症状，而且很多患者可能因为子宫内膜异位而发生不孕的问题。对于卵巢的巧克力囊肿没有特别好的治疗方法，必要时可以手术，将巧克力的卵巢囊肿剥离，但是可能容易复发。