巧克力囊肿内的主要成分含暗色的陈旧血，破裂后容易和周围的组织发生粘连，如果囊内的液体渗漏到腹膜可以引起局部的炎性反应和组织纤维化。或者种植的其他部位继续生长。所以做卵巢巧克力囊肿手术时，动作要轻柔，尽量让囊肿保持完整，避免术后复发或者术后导致周围肠粘连的可能。巧克力囊肿术后复发的几率比较高，术后可以预防性的使用亮丙瑞林治疗，可以有效预防复发。

巧克力囊肿术后最重要的是防止囊肿的复发。巧克力囊肿术后患者还需要辅助药物治疗，疗程应为三至六个月，用药的主要目的是最大程度地控制病灶，有效的预防囊肿的复发。因为卵巢囊肿复发率比较高。所以手术后并不是治疗结束，患者应遵医嘱进行及时有效的药物来治疗。另外手术以后一个月要禁止性生活及盆浴，避免剧烈运动以及从事体力劳动。应注意休息，预防感染，饮食宜清淡，要少吃生冷、辛辣刺激性食物，吃营养丰富易消化的饮食。