巧克力囊肿术后如果卵巢能正常排卵，是可以自然受孕的，可以在备孕前去医院检查卵泡的发育情况看是否正常，如果不能正常排卵，可以使用促排卵的药物治疗，在排卵前后24小时和排卵日当天同床受孕的几率比较高。巧克力囊肿术后容易复发，需要预防性的使用亮丙瑞林治疗，一般是连续治疗三个周期，可以有效预防巧克力囊肿的复发，在备孕前三个月开始口服叶酸片，预防胎儿心血管畸形。

巧克力囊肿术后自然怀孕的几率并不会受到影响的，所以建议你不用过多的担心，巧克力囊肿也是属于子宫内膜异位症的一种表现形式，是由于血液包裹形成的囊肿，可以采取手术剥离巧克力囊肿，术后并不会影响怀孕的几率，但是巧克力囊肿在临床上往往容易反复发生，所以手术过程中需要将囊肿的壁完整的剥离，才能够进行根治的。建议患者注意放松情绪，观察月经来临的情况，观察有没有痛经的发生。