怀孕已经三个月了，这个时间是做nt检查的最佳时间，如果没有问题。夜间咳嗽，需要去医院呼吸科医生听诊一下，看是否肺部有炎症。必要的话在医生的指导下，可以使用青霉素类的抗生素治疗。青霉素类的药物是对孕妇影响最小的抗生素。但是必须要做皮试验，避免过敏。