怀孕39天看不到孕囊有可能是正常现象，不要着急。如果平时月经比较规律的女性可能会在怀孕5周时做阴道B超检查能够看到孕囊，但是做腹部B超检查可能看不到孕囊。因为阴道B超检查相对比较清晰，大约比腹部B超检查提前一周左右可以看到妊娠囊。现在怀孕39天做腹部B超检查可能会看不到妊娠囊，可以做一下阴道B超检查，也可以一周后做一下腹部B超检查。如果阴道B超检查仍然看不到妊娠囊，需要抽血检查一下hcg，如果hcg在2000iu/L以上就要怀疑是不是宫外孕了。