怀孕39天，只要确诊是在宫内妊娠，可以选择药物流产。建议选择正规的公立医院，完善身体体检，做个B超看孕囊情况，然后医生会根据情况针对性的处。心情放松，不要紧张，注意休息，密切观察腹痛及阴道流血情况，注重饮食。做好自我防护，保持二便通畅，避免使用腹压。