如果怀孕40多天做药物流产，大部分能流干净，但是也不能排除不全流产的可能性，因为无论是药物流产还是人工流产都可能流产不全。口服药物流产胚胎流出以后，要严密观察宫缩及阴道流血情况，如果阴道流血量不多，建议胚胎排出三天以后复查彩超，了解宫腔内有没有残留的胚胎组织。如果有残留，可以继续口服药物治疗，也可以给予清宫。