药物流产后患有巧克力囊肿，属于子宫内膜异位症。月经量少，可能与流产有关系，可能是流产后子宫内膜受损、内分泌失调、妇科炎症等引起的。是否会影响以后怀孕，不好确定。以后怀孕时，一般不会检查出来以前做过药物流产。建议你先观察一段时间，如果月经一直不正常，最好去正规公立医院检查一下。