肛门镜检查后很痛的正常现象。大多数人可能会感到不舒服，但也有少数人没有感到不舒服或有轻微的腹胀和腹痛。而且由于每个人的疼痛耐受性和痛阈值不同，肛肠检查对痛觉过敏的患者也会引起疼痛。因此，肛管内窥镜能否引起疼痛与痛阈、病情及肛门括约肌张力有关，但多数患者能耐受。肛门检查通常不会引起疼痛，但下腹和肛门有肿胀感。病人可以忍受。镜检时，将石蜡油涂在肛门镜的外壁上，起到润滑作用，便于镜体进入肛门。但如果肛门有病变，如肛裂、肛周脓肿、外痔和内痔发炎，肛门检查会因肛门摩擦而引起疼痛和不适。

肛镜检查的过程中，会对患者的肛周组织产生一定的损伤，患者会出现轻微的疼痛症状，在检查后两三个小时会逐渐减轻。如果患者的症状没有逐渐减轻，有可能是患者产生的肛裂所带来的严重疼痛。选择消炎药物或者止疼药进行对症治疗。通过肛镜检查可以发现肛周疾病以及直肠的部分疾病，比如常见的肠道息肉、痔疮、肛瘘。对于肛周疾病，应当及时去医院的肛肠外科进行诊断和治疗，确诊后及时进行对症治疗。