肛门疼痛在临床上的处理比较棘手，肛门痛首先进行指诊，专科检查时有可能是肛裂引起，急性肛裂常为新鲜性裂口，通常伴有便血，只要通过饮食改变，通便治疗，新鲜性裂口多会自然愈合。如果是反反复复间断引起的陈旧性肛裂，建议行肛裂切除术。如果患者肛周脓肿或者是其它明显的肛瘘、肛窦炎等等，可以用手术或者手术切除等治疗。有时患者没有明显脓肿，也没有明显的肛周炎，无缘无故的肛门疼痛、坠胀不适，多为肛门直肠神经官能。时甚至伴有精神障碍，需要配合抗焦虑、抗抑郁的药物进行治疗。直肠炎处于急性爆发期时，其中的一个症状就是肛门疼痛，肛门痛要进行低位灌肠，包括局部塞消炎的栓剂，都可以缓解此类症状。