引起肺炎的致病菌不同，所选择的药物也有所区别。肺炎最常见的致病菌是肺炎链球菌，常选择青霉素类如青霉素、头孢类如头孢菌素，部分不能用青霉素类和头孢类抗生素的病人，可选择喹诺酮类如环丙沙星、左氧氟沙星、莫西沙星等，但未成年人不能应用。

引起儿童肺炎的病原体是不一样的，所以在治疗时选择的抗生素也是不一样的，需要据病原菌选用敏感药物。肺炎链球菌感染首选青霉素G，青霉素耐药者可选用第二代或第三代头孢霉素类或万古霉素；金黄色葡萄球菌感染首选苯唑西林(苯唑青霉素)，耐药者用万古霉素；支原体、衣原体和军团菌感染首选大环内酯类抗生素。同时需要根据孩子的临床表现选择止咳化痰等药物进行对症治疗。