根治手术包括生理纠正术，以及解剖纠正手术。生理纠正术就是说可以在患儿身后一到十二个月内进行，也就是用心包膜以及心房壁在心房内建成板障，将体循环的静脉血，导向二尖瓣口而入左心室，并将肺静脉的回流血导向三尖瓣口，而入右心室，形成房室连接不一致，以及心室大血管连接不一致，达到生理上的救治。第二是解剖纠正手术，可以在身后四周内进行，也就是主动脉与肺动脉互换，以及冠状动脉再植，达到解剖关系上的纠正。手术条件是左右心室压比大于0.85，左心室射血分数大于0.45，左心室舒张末期容量大于正常的90%，左心室后壁的厚度要大于四到4.5毫米，室壁张力小于12000。