3个月大的宝宝拉肚子如果不吃药是难以自愈的，因为小儿免疫力比较差，引起小儿腹泻常见的原因有平时饮食不规律，肠道菌群失调，病毒，真菌，细菌感染肠道等所致。建议去医院查血常规、支原体、衣原体、大便常规检查进一步明确，然后可以服用头孢克肟颗粒、庆大霉素颗粒、蒙脱石散冲剂、枯草二联杆菌颗粒、益生菌颗粒等药物对症治疗，平时喂养要规律，避免暴饮暴食，需要少吃多餐，加强营养，增强免疫力。