应尽早使用敏感抗生素，当病原菌不明时，可根据细菌入侵途径，患儿岁数，临床上的表现等选择药物，通常应用广谱抗生素，或针对革兰阳性球菌和革兰阴性杆菌联合用药，而后可根据培养和药敏试验结果进行调整。

脑膜炎的患者需要根据实验室检查，针对病人选择性用药治疗。如果考虑是病毒性脑膜炎，会选择使用抗病毒的药物，临床上比较常用的抗病毒药物包括利巴韦林、阿昔洛韦、更昔洛韦等。如果是细菌性脑膜炎，会选用敏感的抗生素治疗，比较常用的包括青霉素、头孢他啶、头孢曲松钠、头孢哌酮等。