诊断PC肺炎的确诊有赖于病原体的检出，目前应用最广泛的是经纤维支气管镜肺活检、经皮肺穿刺或开胸肺活检和支气管肺泡灌洗液检查，阳性率可达90%以上。依靠气管吸取物或肺活检组织切片染色见肺泡内泡沫状嗜伊红物质的团块中富含原虫。

需要做血液学检查，血气和肺功能，病原学检查，血清学检查，常见的方法有对流免疫电泳检测抗原，间接荧光试验，免疫印迹试验。检测血清中抗体及补体结合试验等，但缺乏较好的敏感性和特异性，确诊以后对疾病的本身病因进行治疗，目前首选药物为甲氧苄胺嘧啶（TMP）和磺胺甲基异恶唑。具体的治疗听从当地医生医嘱。