怀孕40天的时候做人工流产手术对身体并没有好处。人工流产手术对于女性的身体健康本身就有损伤，属于一种创伤性的手术操作，有可能因为人工流产手术而导致女性的子宫内膜损伤、月经失调；也有可能导致病原体入侵，引起生殖系统感染；也有可能导致宫颈损伤，引起宫颈炎。在怀孕40天的时候做人工流产手术，如果妊娠囊过小的话还容易出现流产不全或者是漏吸的现象，需要再一次清宫处理。

人流是通过负压吸引把绒毛吸出及子宫内膜清出。人流存在很多并发症，如出血、子宫穿孔、感染、残留、人流综合症等。远期并发症包括宫腔黏连、宫颈管粘连、慢性盆腔炎、月经不调、继发不孕等。所以，人流手术肯定是有危害的。但怀孕需要人流，最好的时间是在停经40—50天，B超显示孕囊1-3cm，这个时间做人流是比较好的。人流以后抗感染和促子宫收缩，严格遵医嘱，目的是减少并发症，减少不良预后。