小肠不舒服最好挂消化内科检查和治疗，要根据临床症状判断什么其原因导致。首先如果有小肠疼、反酸、烧心的症状，有可能将是小肠黏膜的损伤。小肠酸侵袭导致的慢性小肠炎，能空腹做小肠镜检查和确诊。其次周期性痉挛或者餐后疼伴有大便比较黑，有可能将是消化性坏死或者出血，小肠镜也能确诊。