宫外孕微创术后两个月肚子疼可能由于做完手术以后身体没有完全恢复，也可能是术后没有注意卫生导致细菌感染。术后炎症会引起粘连导致出现腹痛不适的现象，还要考虑是否有术后恢复不良等原因引起。