可以口服复方消化酶胶囊或健胃消食片。平日注意清淡饮食，避免生冷辛辣食物的摄入，建立合理的饮食习惯和结构，规律生活。消化功能不良属于一类由胃动力障碍所引起的疾病，也包括胃蠕动不好的胃轻瘫和食道反流病。

根据你的描述情况，男孩子现在41个月的时间了，经常会呕吐，主要是在咳嗽和哭泣的时候，像玉米，芝麻，黑木耳这类东西吃掉，不能完全消化，考虑与没有充分咀嚼和消化不良有关，呕吐可能是刺激咽喉部迷走神经引起。孩子消化不良可以服用复方鸡内金散和乳酸菌素片治疗观察。