12岁男孩腿较短是不会影响身高的。身高主要与遗传、激素的分泌、生后营养状态、体格发育有关。建议去医院内分泌科就诊，查一下性激素及生长激素的水平及骨龄的情况，如果没有什么问题，就要加强营养，均衡饮食，适当补充维生素D制剂，多晒太阳，适当锻炼，增强体质。