肾结石进行体外冲击波碎石治疗有可能会出现一些副作用，对肾脏有可能会出现损伤出血，如肾包膜下血肿，如继发感染有可能会出现肾盂肾炎，甚至引起脓毒血症、肾功能不全等，但现在无论从经验还是技术上都有所完善，一般情况下是可以避免以上损伤的。体外冲击波碎石可应用于直径小于两厘米的肾结石及输尿管上端结石，输尿管下端结石效果相对稍差。