革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌根据细菌的革兰氏染色结果进行区分。如果细菌是革兰氏染色的，如果细菌染色后呈紫色，则称为“革兰氏阳性菌”，如果细菌呈红色，则称为“革兰氏阴性菌”。阳性和阴性细菌都有杆菌和球菌。葡萄球菌、大肠杆菌和绿脓杆菌是最常见的临床病原体。在革兰氏阴性菌中，葡萄球菌属于革兰氏阳性菌，大肠杆菌属于肠杆菌科。除大肠杆菌外，临床上更常见的肠杆菌科细菌包括变形杆菌、沙门氏菌和克雷伯菌。