痰中的微生物种类较多，大部分是咳痰时混入的上呼吸道正常菌群。支气管与肺部感染的肺炎，肺结核、肺脓肿等，通过细菌培养染色可于痰中检出相应的病原菌。有致病菌生长时作药物敏感试验，以便合理选择抗菌药物。痰液细胞学检查通过显微镜下仔细观察痰液中脱落细胞的形态，分辨是正常细胞，炎症变形的细胞还是癌细胞来诊断疾病，为下一步治疗提供方案。在体内已经毁容的细胞，自离开人体后，相当于遭遇二次毁容，此时，正常细胞、炎症变形细胞和癌细胞真是分不清，支气管炎、肺炎、支气管扩张及肺结核等急、慢性炎症引起的上皮细胞形态，容易与癌细胞混淆。这就给疾病诊断，特别是凶险的肺癌诊断，带来了极大的困难。