肾结石的原因主要是身体的代谢异常，尿路的梗阻、感染、异物和药物使用，是肾结石形成的常见原因。代谢异常包括形成结石的物质排出增多，PH值改变，尿中抑制结晶形成和聚集物质减少，尿量减少。局部因素包括尿路梗阻，感染和尿路存在异物，均是诱发结石形成的局部因素。另外梗阻可以导致感染和结石形成，而结石本身也是尿路异物，后者会加重梗阻与感染的程度。药物相关因素包括乙酰唑胺、维生素D，维生素C等都会导致结石形成。

肾结石的形成一般包括泌尿系统的梗阻以及炎症导致。如果泌尿系统存在有梗阻，是诱发肾结石形成一个很重要的因素，由于梗阻存在造成尿液排出受阻，尿液中的结晶成分会在尿路中集聚下沉，从而形成肾结石。如果泌尿系统存在炎症，也会造成尿盐结晶附着沉积，从而诱发肾结石的形成。饮食上注意不要多吃一些含钙的食物，例如经常吃豆制品、巧克力等也容易造成尿盐结晶形成，从而形成肾结石。