巨结肠可以做保守治疗或者是做结肠造瘘手术，或是通过灌肠疗法协助排粪，这样治疗能缓解腹胀和呕吐，这样能保持饮食正常，维持患儿逐渐长大，再按照症状轻重考虑手术，不吃刺激的食物，避免加重负担。

巨结肠最佳治疗方法一般是通过手术来治疗的，长时间很可能会导致食欲差或者大便困难等症状，建议在病变的早期可以积极安排手术后看看效果，这段时间应该多注意控制饮食，多吃易消化的食物，在手术后需要注意胃肠道减压会更安全一些的。