一般需要连续用药1周，待手足口病的症状比如发烧，拒食等缓解了，再坚持服用2-3天药物便可停药。不过最好隔离的时间再多几天才可以跟别的小朋友接触。以免再次感染。平时在家也要注意开窗通风，保持空气流通。

根据你的描述情况，孩子刚刚两岁，临床出现手上长了很多疱疹，同时伴有发热症状，可以初步确诊手足口病导致的，如果腋下体温没有超过三十八度五，可以口服用药治疗，建议服用蓝芩口服液，外用利巴韦林喷剂治疗。患有该病，体温恢复正常，疱疹消退，就可以考虑停药。