导致孩子营养不良的原因主要是由于长期摄食不足、饮食习惯不良或者其他疾病引起的，最常见合并的维生素缺乏症的是维生素A，建议可以咨询营养师怎样搭配有营养的膳食，平时也要注意养成良好的饮食习惯。

根据你的描述情况，男孩子已经三岁，临床宝宝平时吃的东西也不少的，但是看起来就是很矮小，就像是营养不良了一样，可能以下原因导致的，第一需要考虑代谢性疾病导致营养流失，第二需要考虑肠道寄生虫导致营养流失。建议尽早三甲医院儿科检查治疗，以免错过最佳治疗时间。