孩子患有手足口病，现在大便也不正常，可能同时患有胃肠道炎症，也可能是饮食、用药等原因导致的大便异常。建议你最好带孩子去正规公立医院就诊，在医生指导下做相关检查，根据检查结果，确诊疾病，遵医嘱正确治疗。手足口病也要及时正确治疗。