首先要替代治疗，服用优甲乐，即左甲状腺素钠片。对甲状腺功能减退出现症状较早的儿童，要确定引起甲状腺功能减退的原因，如部分是由甲状腺本身发育异常引起，而其他由甲状腺功能发育缺如引起，其本身没有甲状腺，这种情况下要终生进行甲状腺素替代治疗。另外甲状腺异位的儿童，症状出现的相对较晚，需要做核素扫描。具体用药请结合临床，由医生面诊指导为准。

先天性的甲状腺功能低下症，主要的原因考虑还是由于先天性的甲状腺细胞，出现了增生性的改变，使其丧失了分泌甲状腺素的可能，所以需及时的补充左甲状腺素片，长期的药物治疗，来缓解患者的病情，可以不影响患者的生长发育，也不会对患者的智力以及中枢神经系统的发育造成影响。先天性甲状腺功能低下的患者，治疗越早越好，预后越佳。新生儿疾病筛查的逐步开展，使病人有可能出生后一到三周，就得到确诊和治疗。大多数早期治疗的病例，均可获得较高的智商。