临床上用药通常需联合应用抗真菌药。如制霉菌素加氟康唑2-4周治疗，个别病人需要六周治疗。由于霉菌性食管炎患者大多为慢性疾病病人，长期应用过程中可能会出现胃肠道反应或肝肾损害症状。合理饮食，少吃或不吃辛辣、油腻、高脂肪食物，一定要禁烟酒。