首先肚子两侧的疼痛考虑和咳嗽之间关系并不是特别大的，如果患者咳嗽时间比较长，程度比较剧烈，考虑腹痛可能和长期咳嗽导致的肌肉紧张疼痛有关系。先要检查一下咳嗽的原因，建议患者需要就诊医院的呼吸内科，必要的时候做一下胸部ct检查来明确诊断。